W Szpitalu Czerniakowskim znajdują się następujące oddziały:
- Oddział Chirurgii Ogólnej - II Katedra i Klinika Chirurgii II Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Warszawie
- Oddział Otolaryngologiczny - Klinika Otolaryngologii Oddziału Stomatologii I Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Warszawie
- Oddział Okulistyczny
- Oddział Chirurgii Urazowo - Ortopedycznej
- Oddział Kliniczny Medycyny Rodzinnej, Chorób Wewnętrznych i Metabolicznych Akademii Medycznej w Warszawie
- Oddział Intensywnej Terapii i Anestezjologii
- Oddział Neurologiczny
- Zakład Rehabilitacji